ストーリー
超能力が科学によって解明された世界。能力開発を時間割り（カリキュラム）に組み込む巨大な学園都市。その街に住む高校生・上条当麻のもとに、純白のシスターが現れた。彼女は禁書目録（インデックス）と名乗り、魔術師に追われていると語る。こうして上条当麻は、科学と魔術の交差する世界へと足を踏み入れていく。
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学園都市編（1 - 10巻）
第1巻
上条当麻は、自分の部屋のベランダに引っかかっていた少女と出会う。インデックスと名乗る彼女はこの世界には科学とは異なる魔術の世界があり、自分は魔術師に追われていると語る。上条はそれを信じられなかったが、彼の前にインデックスを狙うイギリス清教の魔術師・ステイル＝マグヌスと神裂火織が現れる。
第2巻
上条はインデックスを救うために記憶を失うが、周囲にはそれを隠していた。8月8日、そんな彼のもとにステイルが現れ、三沢塾という進学塾に巫女姿の少女・「吸血殺し」こと姫神秋沙が囚われていることを告げる。三沢塾を占拠する元ローマ正教の錬金術師・アウレオルス＝イザードから彼女を救い出すため、上条は魔術サイドの事件解決に駆り出されることとなる。
第3巻
上条は御坂美琴と瓜二つの少女・御坂妹と出会う。やがて上条は学園都市の裏側で行われる凄惨な実験と、それを止めようと美琴が奔走していることを知る。そして上条は実験を止めるため、被験者である学園都市最強の超能力者・一方通行（アクセラレータ）に戦いを挑む。
第4巻
一方通行に勝利した上条はその影響で一時的に学園都市を離れることになり、両親やインデックスと共に海へとやってきた。そんな中、人々の外見と中身が入れ替わる事態が発生するが、上条以外にその違和感に気付いている者はいない。上条は、事件解決のためやってきた土御門元春と神裂からそれが「御使堕し（エンゼルフォール）」と呼ばれる大魔術のせいだと知らされ、共に解決に奔走する。
第5巻
一方通行は打ち止め（ラストオーダー）と名乗る少女と出会い、彼女のために奔走することになる。
8月31日、美琴は爽やかな少年・海原光貴に好意を抱かれ、頻繁にデートに誘われていた。困った挙句、偶然通りかかった上条に飛びかかり、恋人のふりをするように頼む。
8月31日、上条は夏休みの宿題に追われていた。美琴との騒動も終わったと一安心していたところに、魔術師・闇咲逢魔が現れ、インデックスがさらわれてしまう。
第6巻
新学期初日。インデックスは、上条の高校で風斬氷華と名乗る少女と出会い「ともだち」になる。上条、インデックス、風斬の3人は地下街に遊びに行くが、そこにゴーレムを使役する魔術師・シェリー＝クロムウェルが現れ、3人に襲い掛かる。
第7巻
ローマ正教が保有する伝説の魔術師が記した魔道書「法の書」と、それを解読したとされるローマ正教のシスター・オルソラ＝アクィナスが日本で誘拐された。彼女を誘拐したのは、神裂がかつて所属していた天草式十字凄教であり、彼女が関わることを避けたいイギリス清教は事件解決のためステイルを日本へ派遣する。そして、魔道書の専門家であるインデックスとその管理人である上条も彼女の救出に駆り出されることとなる。
第8巻
「風紀委員」の白井黒子は、都市内でキャリーケースが奪われた事件を調査し始める。捜査を進める黒子と同僚の初春により、事件の犯人は彼女より上位の空間移動能力者・結標淡希だと判明。夜の学園都市を舞台に「残骸（レムナント）」とそれぞれの正義を巡る戦いが始まる。
第9・10巻
学園都市は大規模な体育祭・大覇星祭で盛り上がりを見せていた。そんな中、イギリス清教はローマ正教がこの期間を利用して「刺突杭剣（スタブソード）」と呼ばれる聖人を葬れる霊装を取引しようとしていることを嗅ぎつける。ステイルと土御門、そして再び魔術サイドに駆り出された上条は、都市に潜入したローマ正教のシスター・リドヴィア＝ロレンツェッティと、運び屋オリアナ＝トムソンを追う。
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登場人物
上条当麻（かみじょう とうま）
声 - 阿部敦
本編の主人公。学園都市に住む無能力者（レベル0）の高校生。「幻想殺し（イマジンブレイカー）」という能力を右手に宿す少年。
インデックス
声- 井口裕香
本編のメインヒロイン。本名不明のシスター。10万3000冊の魔道書を記憶し、「魔道書図書館」という役割をになう禁書目録の少女。
御坂美琴（みさか みこと）
声 - 佐藤利奈
本編のヒロインの一人にして、外伝作品の主人公。常盤台中学2年の少女。超能力者（レベル5）第3位の能力「超電磁砲（レールガン）」を持つ。
白井黒子（しらい くろこ）
声 - 新井里美
常盤台中学1年生。「風紀委員（ジャッジメント）」。大能力者（レベル4）。『超電磁砲』では準主人公。
一方通行（アクセラレータ）
声 - 岡本信彦
本編の主人公格の一人にして、外伝作品の主人公。本名不明の少年。学園都市第1位の超能力者であり、「一方通行（アクセラレータ）」という能力を持つ。
妹達（シスターズ）
御坂美琴の体細胞クローンの少女達。美琴にそっくりな2万人の妹達（声 - ささきのぞみ）、外見10歳の少女である打ち止め（ラストオーダー、声 - 日高里菜）、高校生程度の外見の少女である番外個体（ミサカワースト、声 - 加隈亜衣）などがいる。
ステイル＝マグヌス
声 - 谷山紀章
イギリス清教「必要悪の教会」に所属する魔術師。炎属性のルーン魔術を扱う神父。
神裂火織（かんざき かおり）
声 - 伊藤静
イギリス清教「必要悪の教会」に所属する女性魔術師にして、天草式十字凄教の女教皇（プリエステス）。「聖人」の一人。
土御門元春（つちみかど もとはる）
声 - 勝杏里
上条の隣室の住人にしてクラスメイト。魔術師にして能力者、科学・魔術の両サイドにまたがる多重スパイの少年。
浜面仕上（はまづら しあげ）
声 - 日野聡
学園都市に住む無能力者の不良少年。
イギリス清教
十字教の一派。戦闘機関「必要悪の教会（ネセサリウス）」を始めとして、天草式十字凄教やアニェーゼ部隊など様々な集団を有し、多くの魔術師が属する。
ローマ正教
十字教の最大宗派。教皇を頂点とする20億人の大勢力。その数の力や歴史的な霊装もさることながら、最暗部にして真の最高組織「神の右席」と呼ばれる組織が存在する。
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